NordGenin hallituksella on neuvoa-antava rooli ja kokoontuu kolmesti vuodessa. Hallitus koostuu kunkin Pohjoismaan edustajasta ja varajäsenestä, sekä Grönlannin tarkkailijajäsenestä. Lisäksi hallitukseen kuuluu ympäristöedustaja ja yksi henkilöstön jäsen NordGenista.