NordGenin hallituksella on neuvoa-antava rooli ja se kokoontuu kolmesti vuodessa. Hallitus koostuu kunkin Pohjoismaan edustajasta ja varajäsenestä, sekä Grönlannin ja Färsaarten tarkkailijajäsenistä. Lisäksi hallitukseen kuuluu ympäristöedustaja ja yksi henkilöstön jäsen NordGenista.